A colite ulcerativa difere de uma outra doença inflamatória intestinal, a doença de Crohn. A colite ulcerativa afeta apenas o cólon. A inflamação é máxima no reto e estende-se até o cólon de modo contínuo, sem nenhuma área de intestino normal poupada.
A doença de Crohn, pode afetar qualquer área do trato gastrointestinal, incluindo o intestino delgado, e pode haver áreas de intestino normal entre as áreas de intestino doente, as chamadas áreas "poupadas".
A colite ulcerativa afeta apenas a camada mais superficial do cólon, enquanto a doença de Crohn pode afetar toda a espessura da parede intestinal. A colite ulcerativa e a doença de Crohn são diferentes do cólon espástico ou síndrome do cólon irritável, que é um distúrbio de motilidade do trato gastrointestinal. A sindrome do cólon irritável não tem nenhuma relação com a colite ulcerativa ou doença de Crohn.
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